出差补贴一般采用三种方式：实报实销，定额出差补贴和两者相结合。
实报实销的方式比较简单，但要靠员工自觉，项目经理负责和财务人员的判断力和尽责程度。
定额出差补贴分交通和餐费补贴，是管理层为了避免员工多报而采取的控制手段。当然其金额往往会涵盖出差当地的消费水平，从某种意义上也是对员工出差的一种补偿。采用这种方法操作比较简单，但关键问题是发票。员工往往会为了拿到补贴而故意节约，就会有发票不够的状况。然后搜集各种发票，增加了不合格率。员工往往不理解为什么公司对自己出差的补贴还要提供发票。这是税务上的需要，因为补贴对个人来说是一种利得，是需要并到工资一起交个税的。有的公司会让员工自己选择，交个税的话实际拿到的现金就会少于补贴金额。而一般大多数选择让员工提供发票，既为员工利益考虑，操作也方便一些。
第三种两者相结合是说部分实报实销，部分定额补贴。比如交通实行实报实销，餐费按定额补贴。从税务角度来说，住宿，交通，话费都属于差旅费用，对于餐费，少量附带的作为差旅费用没问题，但金额过大的话，从税务核查角度，应该入到业务招待费或福利费。
业务招待费的列支额为全年销售额的千分之五和发生额的60%孰低；福利费是实发工资总额的14%之内可以税前列支。个人建议采用交通实行实报实销，餐费按定额补贴。交通费很难预测，而餐费可以按出差地的消费水平考量，按不同的出差地制定不同的额度，既能对公司费用支出一定约束，操作起来也比较方便。建议从税务角度，即使是餐费补贴，让员工尽量提供额外的交通或话费发票，其余只能提供餐饮发票的，财务人员应综合考虑入到业务招待费还是福利费。
还有一点需注意，若是能区分该费用属于研发支出或某个项目的，并有相关证明，要记入相应成本。在中国很多外资的机构是研发中心，常常发生很高的费用，财务人员要注意区分费用和成本。费用过大导致长时间亏损会引起税务局的质疑，而合理分配费用和成本对公司将来研发成功后销售的配比也是有利的。